Pada tahun 1666 Jambi menuntut pengakuan sebagai kerajaan yang sejajar dengan Johor. Oleh karena peperangan meletus antara Johor dan Jambi. Pada 4 April 1673 Jambi menyerbu Batusawar melalui serangan mengejutkan selepas subuh dengan 471 kapal jawa, 5 kapal lancang , 6 buah jong cina dan 1 buah kapal galley Belanda.
Sultan Abdul Jalil Shah III meloloskan diri namun Bendahara Tun Jenal gugur. Melalui sungai johor dan terus menuju mersing kemudian menuju Pahang. Johor mengalami kerugian yang besar. Istana Batusawar di jarah beserta seluruh harta kekayaan Johor. Dikatakan hasil rampasan itu berupa 140 buah kapal, 4 ton emas dan 95 pucuk meriam besi dan logam dan segala senjata api yang dimiliki oleh Johor.
Pada tahun 1677 Sultan Abdul Jalil Syah III mangkat kemudian sepupunya Raja Ibrahim. Ia merupakan putra kepada Raja Bajau, Raja Muda Pahang bin Sultan Abdullah Ma'ayat Shah. Ia dilantik sebagai Sultan Johor di Pahang pada 1677 dengan gelar Ibrahim Shah. Laksamana Tun Abdul Jamil bertindak sebagai penasihat Sultan Ibrahim. Johor memindahkan pusat pemerintahan ke Bintan. Dari situ, Laksamana Tun Abdul Jamil membina pelabuhan Bintan sehingga pelabuhan tersebut dapat mencapai kegemilangan yang dulu oleh pelabuhan Melaka. Pada tahun 1679 Tun Habib Abdul Majid ditunjuk sebagai Bendahara menggantikan pamannya Tun Jenal yg gugur.
Laksamana Tun Abdul Jamil berjaya menaikkan pamor Kerajaan Johor dalam Perang Johor-Jambi. Johor kembali bangkit, pada tahun 1679 Laksamana Tun Abdul Jamil memimpin armada Johor mengalahkan Jambi di celah nyamuk dengan bantuan orang laut kemudian menduduki Tungkal dan mengancam ibukota Jambi. Sementara itu Bendahara Tun Habib Abdul Majid memimpin pasukan bugis bersama Palembang memasuki Jambi melalui Sugai Tembesi.
Tidak ada pilihan, Jambi memilih mengakhiri permusuhan, kemudian bersekutu dengan Johor menghadapi Palembang. Johor bersedia membantu Jambi dalam menghadapi Palembang dengan syarat jambi mengakui kedaulatan Johor seperti sebelum tahun 1615, menyerahkan Tungkal dan mengembalikan hqrya yang dirampas. Pangeran Dipati Anom, Tengku Mahkota Jambi ketika itu membayar pampasan sejumlah yang diminta. Jambi pula terpaksa mengirimkan dua orang kerabat diraja ke sebagai tanda takluk.
Johor pecah menjadi 2 kubu, Laksamana Tun Abdul Jamil yg didukung orang laut berada di pihak Jambi, sementara Bendahara Tun Habib, yang tidak bisa mengkhianati Palembang yang jadi sekutunya. Ia juga tidak bisa melupakan serangan memalukan di Batusawar. Bersama Bugis dirinya memilih berada di pihak Palembang. Atas hal ini l kuasa Bendahara diambil alih oleh Laksamana Tun Abdul Jamil. Bendahara Tun Habib diberhentikan dari jabatannya kemudian diusir ke Terengganu.
Pada tahun 1681 Laksamana Tun Abdul Jamil membantu Jambi menahan serangan orang Palembang dan Bugis. Kemudian menyerang balik sehingga menjarah kawasan pesisir Palembang dan menduduki Pulau Bangka. Kalau tidak kerana campur tangan V.O.C. iscaya Johor mampu menakluk Palembang dan meletakkan Palembang ke dalam kekuasaan Johor ketika itu. Kejayaan itu membuatkan Laksamana Tun Abdul Jamil mendapat gelaran Paduka Raja dan diberi kuasa melampaui para pembesar yang lain,
Dimasa itu, Pelabuhan Bintan mencapai masa keemasannya dikunjungi oleh sekurang-kurangnya 600 buah kapal dagang dan pedagang-pedagang yang mengunjungi pelabuhan Riau datang dari segala pelusuk dunia seperti China, Portugis, Belanda, Inggris, India, Arab dan sebagainya.
Ibrahim Shah mangkat di Riau pada tanggal 16 Februari 1685, kemudian digelar Marhum Bongsu. Ia diracuni oleh istri ketiganya yang juga putri dari Laksamana Tun Abdul Jamil. Pada 1687 Tun Habib Abdul Majid yang dipinggirkan memimpin sebuah pemberontakan. Ia bersama Pasukan Bugisnya menyerang Bintan Tun Abdul Jamil beserta ahli keluarga dan para pengikutnya berundur dari Riau menuju Terengganu. Kali ini orang laut tidak membantunya karena mencurigainya terlibat dalam pembunuhan Sultan .
Pada tahun 1688 di pantai di Terengganu, berlaku satu pertempuran hebat di antara pihak Tun Abdul Jamil dan Tun Habib Abdul Majid. Pihak Tun Abdul Jamil yang kehabisan peluru meriam terpaksa menggunakan wang syiling emas sebagai ganti peluru ketika berperang. Dalam pertempuran sengit itu Tun Abdul Jamil dan beserta ahli keluarganya telah terbunuh. Tun Habib Abdul Majid berjaya menyingkirkan Laksamana Tun Abdul Jamil. Tun Habib Abdul Majid pergi ke Riau membawa Sultan Mahmud Shah II yang saat itu berusia 11 Tahun serta mengambil alih perwalian. Pada tahun 1689 Ia Kemudian membawa penguasa muda itu ke Kota tinggi, Johor.
A History of Johore. The Malaysian Branch of the Royal Asiatic Society: R.O. Winstedt. 1992
Disalin dari kiriman Riff ben Dahl
